L'épisode avec les Léviathans a fragilisé l'âme de la planète et rien n'est réellement ce qu'il était au départ; la moitié des Phénomènes qui existaient sur la Terre ont été détruits, les anges au ciel se retrouvent sans chef et déboussolés, des anges refusent de continuer ainsi et tombent, les démons sont divisés: certains se regroupent sous la bannière de Crowley, mais d'autres nourrissent encore l'espoir du retour triomphant de Lucifer

Du fond des entrailles des entités du ciel et de la terre, le chaos chamboule le cours des évènements et bien des créatures qui devraient reposer en paix reviennent d'entre les morts. En premier Balthazar et Gabriel, l'un partant d'abord à la recherche de sa vengeance, l'autre préférant faire profil bas, ne sachant pas encore que son frère, Lucifer, a été enfermé (supposément pour de bon cette fois). En deuxième, Bobby Singer dont le fantôme fut de nouveau aspiré sur la Terre.

Il n'y a plus de lois dans aucun des royaumes. Désormais sans laisses, certains anges décident de rejeter le paradis, créant alors une nouvelle race: les anges déchus, menés pour la plupart par Anna Milton, revenue d'entre les morts à son tour. Ces nouveaux anges ne sont ni pour le paradis, ni contre: ils s'occupent plutôt de la protection des humains contre toutes créatures existantes, devant donc un peu comme une sorte d'ange gardien, chacun protégeant soit un ou deux humains à la fois.

Alors que certains courent d'un côté ou de l'autre dans la panique totale, d'autres décident que le temps est venu de bousculé encore plus l'équilibre du monde. Alors que Balthazar s'amuse à ressusciter les morts, ramenant des limbes Johanna et Ellen Harvelle, James Watson et Montaigue John Druitt, Castiel, rongé par els remords, cherchera le pardon en ramenant à Helen sa fille chérie. Ni l'un ni l'autre ne prendra garder aux conséquences que leur geste insouciant pourrait causer.

Au même moment, certains découvrent un nouveau secret: les Phénomènes, créatures différentes des monstres auxquels ils sont habitués, possèdent une âme beaucoup plus puissante que celle des humains. Puissance qui quand elle est déséquilibré peut causer une déchirure dans l'espace et le temps. Maintenant que cette rumeur cours, les nouveaux compagnons des Winchester ne sont plus en sécurité. De plus en plus d'ennemis commencent à savoir qu'ils ne sont pas banals: leurs âmes brillent quasiment autant que la grâce des anges. L'homme d'affaires qu'est Crowley s'y est déjà intéressant, mais il n'est pas le seul; tout le monde connait la valeur de ces petites choses fragiles appelées âmes.

Tous les chasseurs et médiums de ce monde voient ces derniers évènements comme un mauvais présage. La fin du monde serait-elle de retour malgré l’absence de Michaël et Lucifer ? Est-ce qu'Azael est bel et bien enfermé en enfer ? Est-ce que la Cage tiendra le coup malgré le chaos qu'il y a sur Terre, Mort et Faith resteront-ils à l'écart de ce désordre ?

Et qui sait quelle autre créature pourrait surgir des ténèbres ?